Ohne unterzeichnete Einwilligungserklärung der Patientin oder des Patienten dürfen keine Daten ins SCQM Register eingetragen werden. Sämtliche Daten werden unter Anwendung des Schweizerischen Datenschutzgesetzes gespeichert. Die Sicherheitsvorkehrungen für den Schutz der Daten werden fortlaufend aktualisiert.
Um die Daten eines Patienten zusammen zu führen, werden in der online Datenbank personenbezogene Informationen gespeichert. Zu diesen Daten hat nebst dem Patienten nur der behandelnde Rheumatologe, gegebenenfalls das Praxispersonal und das Personal der SCQM Foundation Zugriff. Wie die Ärzte und das Praxispersonal unterstehen auch die Mitarbeitenden der SCQM Foundation dem medizinischen Berufsgeheimnis.
Für die Nutzung der Daten zu wissenschaftlichen Zwecken werden die Daten verschlüsselt und ohne Namen, Vornamen und Geburtsdatum in einer zusätzlichen Datenbank gespeichert. Aus den für wissenschaftliche Studien zur Verfügung gestellten Daten können keine Rückschlüsse auf einzelne Patienten gezogen werden.